一、在商标转让中，企业内部自身问题所造成的纠纷，属于民事法律纠纷的范畴，一般情况下需要当事人通过司法诉讼程序来解决维护自己的权益。而作为行政主管部门的商标局，一般不会介入此类纠纷。但是，如果该商标的转让申请还是在商标局转让审查进程中的，方便当事人主张自己的权利，对于此类商标转让的纠纷问题，商标局通常会给于当事人一个合理的时限，当事人应该尽快通过司法诉讼来主张权利，超过该时限，商标局仍然会继续进行相应的正常商标转让审查程序。一旦商标转让申请被商标局核准公告后，则该商标转让行为已经事实产生法律效力。涉及到法律权限问题，当事人只能通过法院的申请证据保全措施来暂时冻结该商标转让后的权利实施，并通过诉讼书程序来解决相关商标转让纠纷。

二、对于假冒、伪造的商标非法转让问题，则需要通过当地的公安部门以伪造印章、文书，非法侵占财产等进行刑事鉴定，然后通过司法程序解决。

三、对于商标局作出的“不予受理”、“不予核准”等等行政决定的行政纠纷，可以向国家工商总局进行反映或者行政复议，或者行政诉讼等途径解决。

四、注册商标的转让只有在核准公告之日起商标受让人才拥有该被转让商标的全部法律权益，而在注册商标转让核准公告之前，被转让商标的实际权益仍然属于商标转让人。因此，关于商标在转让申请审查进行中的商标权益问题，只能通过商标转让双方事先在商标转让合同中进行相应的权利约定。为了保护双方利益，在商标申请前，转让人与受让人最好能够签订一份转让协议，协议中把上面列出的可能会涉及到的问题都一一做出说明，并到当地的公证处做出公证。